Nakon sklapanja mirovnih sporazuma iz Gulistana i Turkmenčaja 1813., odnosno 1828. godine, došlo je do vrlo brzog i masovnog preseljenja Armenaca u azerbajdžanska područja i naknadne umjetne podjele teritorija. Iako su armenski doseljenici činili manjinu u regiji, ubrzo su počeli provoditi politiku političke ekspanzije i pripremati agresivne planove za njezinu provedbu.

Prvi svjetski rat također je pridonio porastu broja Armenaca u Zakavkazju. Taj proces, koji se odvija uz nametanje umjetne teritorijalne podjele, stvorio je temelj za dugoročne nestabilnosti, napetosti i sukobe na tom području. Između 1905. i 1907. godine, Armenci su izveli niz velikih i krvavih napada na Azerbajdžance. Okrutni zločini započeli su u Bakuu te su se proširili na cijeli Azerbajdžan i azerbajdžanska sela u područjima današnje Armenije. Stotine naselja je uništeno i izbrisano s lica zemlje, a tisuće civila zvjerski je ubijeno.

Iskoristivši situaciju stvorenu Prvim svjetskim ratom te veljačkom i listopadskom revolucijom 1917. u Rusiji, Armenci su svoje planove provodili pod okriljem boljševizma. Tako je, pod izlikom borbe protiv kontrarevolucionarnih elemenata, u ožujku 1918. revolucionarna vlast u Bakuu počela provoditi plan za uklanjanje Azerbajdžanaca iz cijele pokrajine Bakua. Tisuće Azerbajdžanaca istrijebljene su i u rajonima Šamahi i Guba, kao i u Karabahu, Zangezuru, Nahičevanu, Lenkeranu i drugim regijama Azerbajdžana, i to isključivo zbog svoje etničke pripadnosti. U tim područjima civilno je stanovništvo masovno istrebljivano, sela su spaljivana te su uništavani nacionalni spomenici kulture.

Armencima se pružila prava prilika da ostvare svoj san o proširenju armenske države na područja drugih naroda nakon uspostave sovjetske vlasti u Armeniji krajem 1920. godine. Armenci su provodili taj plan sustavno i metodično na štetu Azerbajdžana tijekom 70 godina sovjetske vlasti, koristeći sva moguća sredstva da protjeraju Azerbajdžance iz njihovih zemalja. Tako su 1920. godine Armenci proglasili Zangezur i niz drugih azerbajdžanskih područja dijelom Armenske Sovjetske Socijalističke Republike (SSR). Nadalje, iako je planinski dio Karabaha zadržan u sklopu Azerbajdžana, ipak mu je dodijeljen autonomni status pri čemu su administrativne granice utvrđene tako da se osigura da armensko stanovništvo čini većinu. Tako je na području Azerbajdžana nastala umjetna tvorevina, a više od pola milijuna Azerbajdžanaca koji su tada živjeli u Armeniji nije imalo istu povlasticu.

Osim toga, tijekom sovjetskog razdoblja svrhovito se radilo na tome da se promijeni demografska slika Armenije. Mnogi su Azerbajdžanci bili prisiljeni napustiti Armeniju pod izlikom povratka Armenaca iz inozemstva. Posebnim odlukama Vijeća ministara SSSR-a od 23. prosinca 1947. i 10. ožujka 1948. više od 150.000 Azerbajdžanaca bilo je prisiljeno preseliti se u Azerbajdžan iz svoje povijesne domovine u Armeniji u razdoblju od 1948. do 1953. godine.

Krajem 1987. Armenska SSR otvoreno je počela polagati pravo na područje Autonomne oblasti Nagorno-Karabah (NKAO) Azerbajdžanske SSR. Nakon toga su uslijedila daljnja protjerivanja Azerbajdžanaca iz Armenske SSR i NKAO. Armenija i armenska zajednica u Nagorno-Karabahu donijele su niz nezakonitih odluka kako bi se pokrenuo proces jednostranog odcjepljenja regije od Azerbajdžana.

Dana 22. veljače 1988., u blizini naselja Askeran na autocesti Hankendi-Agdam, Armenci su otvorili vatru na mirne azerbajdžanske prosvjednike. Posljedica toga bila je da je dvoje mladih Azerbajdžanaca ubijeno, postavši prvim žrtvama sukoba.

Ubrzo nakon otvorenog polaganja prava na Nagorno-Karabah, armenske vlasti izdale su zapovijedi koje su dovele do prisilne deportacije oko 250.000 Azerbajdžanaca iz njihovih domova u Armeniji. Dio procesa deportacije bilo je široko rasprostranjeno i sustavno ubijanje, mučenje, uništavanje imovine i pljačkanje diljem Armenije. Ukupno je 216 Azerbajdžanaca ubijeno u Armeniji tijekom 1987.-1989., uključujući djecu, žene i starije osobe.

Armenske sigurnosne službe i terorističke organizacije provodile su teroristička djela unutar granica Azerbajdžana, pri čemu su im ciljevi bili civilni objekti, uključujući industrijska postrojenja i prijevozna sredstva za zračni, pomorski i kopneni prijevoz, davno prije nego što je svijet svjedočio užasnim terorističkim napadima koji su se dogodili 11. rujna 2001. te drugim terorističkim napadima u različitim zemljama. Takvi su napadi od kasnih 1980-ih odnijeli živote više od 2.000 Azerbajdžanaca, a među ubijenima su većinom bile žene, starije osobe i djeca.

Oružani sukobi i armenski napadi na Azerbajdžan postali su intenzivniji ubrzo nakon raspada Sovjetskog Saveza krajem 1991. godine te nakon međunarodnog priznanja Armenije i Azerbajdžana. Armenija je započela rat, koristeći silu protiv Azerbajdžana i okupirajući teritorije Azerbajdžana, uključujući regiju Nagorno-Karabah i sedam susjednih rajona. Armenija je provodila etničko čišćenje u zauzetim područjima, protjeravši oko milijun Azerbajdžanaca iz njihovog zavičaja, te je odgovorna za druge ozbiljne zločine počinjene tijekom sukoba. Naposljetku, Armenija je uspostavila podređenu, etnički čistu separatističku paradržavnu tvorevinu na okupiranom azerbajdžanskom teritoriju.

Međunarodna zajednica dosljedno je osuđivala upotrebu vojne sile protiv Azerbajdžana i posljedičnu okupaciju azerbajdžanskih teritorija. Djelujući u ime svih članica Ujedinjenih naroda, Vijeće sigurnosti UN-a 1993. godine usvojilo je rezolucije 822 (1993.), 853 (1993.), 874 (1993.) i 884 (1993.), osuđujući uporabu sile protiv Azerbajdžana i okupaciju azerbajdžanskih teritorija te ponovno potvrđujući suverenitet i teritorijalnu cjelovitost Azerbajdžana i nepovredivost njegovih međunarodno priznatih granica. U tim je rezolucijama Vijeće sigurnosti UN-a ponovno potvrdilo da je regija Nagorno-Karabah dio Azerbajdžana te je postavilo zahtjev za trenutačnim, potpunim i bezuvjetnim povlačenjem okupacijskih snaga iz svih okupiranih teritorija Azerbajdžana. Opća skupština UN-a usvojila je tri rezolucije o sukobu (48/114 od 20. prosinca 1993., 60/285 od 7. rujna 2006. i 62/243 od 14. ožujka 2008.) te je uključila „Stanje na okupiranim teritorijima Azerbajdžana“ kao točku dnevnog reda svojih redovnih sjednica. Druge međunarodne organizacije zauzele su slična stajališta.

Okupacija je završila 27. rujna 2020. kao posljedica 44-dnevnog rata koji je započeo protu-ofenzivnom operacijom veličanstvene Azerbajdžanske vojska pod vodstvom vrhovnog zapovjednika Ilhama Alijeva. Armensko političko-vojno vodstvo je tijekom rata, kao i prethodnih godina, ciljalo civilno stanovništvo i bombardiralo azerbajdžanske gradove koji su desecima kilometara udaljeni od zone sukoba. Pritom su poginule 93 osobe, uključujući 12 djece, a više od 400 civila je ranjeno.